但是，在元和元年(1615年) ，隨著豐臣大坂之役的滅亡，大坂城被全部燒毀了。隨後江戶元和6年(1620年) ，德川幕府開始重建江戶大坂城。搭上幕府的威信，歷時10年建成的大坂城與豐臣秀吉所造的完全不同。此時的大阪城，在周圍堆砌了大規模的石牆，且繞城挖鑿造了護城河，並還將天守閣再加高了15米。
但是這座天守閣也因為寬文5年(1665年)的雷擊被燒毀了，且沒有重建。其他建築物也於明治維新(1886年)的動亂，被燒毀了。最後只剩下了大手門和塔樓等部分。

昭和6年(1931年) ，根據當時的市長的提議，通過對市民募捐，重建了天守閣。但後來又因戰爭的空襲，幾座建築物被燒毀了，同時天守閣也各處遭到了破壞。最後大阪城於平成9年進行了「平成大修」，大阪城也進化成瞭如今我們所看到的樣子。